华中农业大学学报

作者：武乐，李益楠，孔德信，周志鹏

单位：1.华中农业大学信息学院，武汉430070;2.华中农业大学生命科学技术学院，武汉430070

关键词：转录组测序;差异表达分析;功能注释;Snakemake;Conda;自动化数据分析;可视化

基金：国家自然科学基金项目（31970552）

为使科研工作者简单高效地分析RNA-seq数据，本研究基于Snakemake工作流程管理系统和Conda环境管理器构建了一个自动化和模块化的工作流程：RNApipe（Github：https：//github.com/ywu019/RNApipe.git），其可对来自任何有参物种的RNA-seq数据自动执行质控、比对、定量、鉴定差异基因，以及GO、KEGG、GSEA等功能注释分析；其中，每一步骤的分析结果均以高质量的可视化图片或报告展示，并保留重要的输出文件。使用RNApipe在多个模式物种中的测试与评估结果表明：RNApipe可以平稳运行，且注释结果准确。与现有的自动化分析流程相比，RNApipe的主要特点包括：工作流程较为完整、默认工具消耗时间与资源较少、适用于任何有参物种、全面的可视化、以及用户友好性（易安装、易使用、易扩展）。研究表明，RNApipe便于研究人员快速地从大型RNA-seq测序数据中获取基本信息。

来源：2022年第6期

《华中农业大学学报》期刊编辑部

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